Частица Животворящего Креста Господня (в алтаре).
Древняя чудотворная икона св. Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна в соборе монастыря (середина XVI века).
Чтимый список с образа св. Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна с обручем в монастырской часовне.
В домовой церкви престол освящен в честь преподобной Елизаветы, игумении Константинопольской, чудотворицы (V век); в соборе находится ее чтимый образ конца ХIХ века.
Чтимая икона Божией Матери "Смоленская" в Елизаветинском храме.
Частички мощей
Святого Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна.
Святого апостола и евангелиста Матфея.
Святителя Николая Чудотворца, архиепископа Мирликийского.
Святителя Филарета (Дроздова), митрополита Московского.
Священномученика. Илариона (Троицкого), архиепископа Верейского.
Святителя Луки (Войно-Ясенецкого), архиепископа Симферопольского, исповедника.
Великомученика и целителя Пантелеимона.
Преподобного Сергия, игумена Радонежского.
Преподобного Серафима Саровского.
Преподобного Пимена Угрешского.
Преподобного Амфилохия Почаевского.
Преподобного Кукши Одесского.
Преподобного Алексия, человека Божия.
Преподобных Амвросия, Исаакия, Моисея, Анатолия, Нектария старцев Оптинских.
Преподобных жен Дивеевских: Александры, Марфы, Елены.
Блаженных Параскевы, Пелагии, Марии, Христа ради юродивых Дивеевских.
Частички гроба
Преподобномученицы Великой княгини Елисаветы.
Блаженной Матроны Московской.
Гробница (ранее почивали св. мощи)
Блаженной схимонахини Марфы Московской, Христа ради юродивой (подвижницы Иоанно-Предтеченского женского монастыря).
Чтимая икона священномученика Алексия (Скворцова) – пресвитера Иоанно-Предтеченской обители (прославлен в лике святых в декабре 2004 г.)