Почти в каждом храме прославлены свои новомученики. В Иоанно-Предтеченском женском монастыре это священномученик Алексий Скворцов, расстрелянный на Бутовском полигоне 4 июля 1938 года и священномученик Владимир Смирнов, также расстрелянный в Бутово 10 декабря 1937 года.
В 4-ю субботу по Пасхе Церковь празднует память бутовских новомучеников. 10 мая 2014 года сёстры монастыря участвовали в богослужении на Бутовском полигоне.
