Частица Животворящего Креста Господня (в алтаре).
Древняя чудотворная икона св. Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна с частицей мощей в соборе монастыря (середина XVI века).
Чтимый список с образа св. Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна (с частицей мощей) с обручем в монастырской часовне.
В домовой церкви престол освящен в честь преподобной Елизаветы, игумении Константинопольской, чудотворицы (V век); в соборе находится ее чтимый образ конца ХIХ века.
Чтимая икона Божией Матери «Смоленская» в Елизаветинском храме.
Частички мощей (в иконах)
Святого Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна.
Святого апостола и евангелиста Матфея (в алтаре).
Святителя Николая Чудотворца, архиепископа Мирликийского.
Святителя Василия Великого.
Святителя Филарета (Дроздова), митрополита Московского.
Священномученика Илариона (Троицкого), архиепископа Верейского.
Святителя Луки (Войно-Ясенецкого), архиепископа Симферопольского, исповедника (в Елизаветинском храме).
Великомученика и целителя Пантелеимона.
Великомученицы Анастасии Узорешительницы.
Преподобного Сергия, игумена Радонежского.
Преподобного Серафима Саровского.
Преподобного Пимена Угрешского.
Преподобного Амфилохия Почаевского (в алтаре).
Преподобного Кукши Одесского (в алтаре).
Преподобного Алексия, человека Божия.
Преподобных Амвросия, Исаакия, Моисея, Анатолия, Нектария старцев Оптинских.
Преподобных жен Дивеевских: Александры, Марфы, Елены (в алтаре).
Блаженных Параскевы, Пелагии, Марии, Христа ради юродивых Дивеевских.
Мощевики
Мощевик под иконой св. Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна —
Большая частица мощей Святителя Лазаря Четверодневного, епископа Китийского, друга Божия
Мощевик у левой храмовой колонны под иконой свт. Филарета Московского —
Св. преподобный Антоний Великий
Св. апостол Иаков, брат Господень
Св. преподобный Алексий (человек Божий)
Свт. Амвросий, епископ Медиоланский
Св. равноапостольная Мария Магдалина
Св. преподобная Схоластика Нурсийская
Св. великомученик Евстафий Плакида
Частички гроба
Преподобномученицы Великой княгини Елисаветы (в алтаре).
Блаженной Матроны Московской.
Гробница (ранее почивали св. мощи) блаженной схимонахини Марфы Московской, Христа ради юродивой, подвижницы Иоанно-Предтеченского женского монастыря.
Чтимая икона священномученика Алексия (Скворцова) – пресвитера Иоанно-Предтеченской обители (прославлен в лике святых в декабре 2004 г.).
Наперсный крест сщмч. Алексия Скворцова — пресвитера Иоанно-Предтеченской обители (в алтаре).