Община Иоанно-Предтеченского монастыря зародилась в селе Виноградове, где обрели место упокоения последние ивановские монахини и их духовник старец Иларион (Удодов). По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II Иоанно-Предтеченская обитель в 1992 году была приписана к храму святого князя Владимира в Старых Садех, возглавляемого протоиереем Сергием Романовым. Промыслом Божиим на о. Сергия была возложена нелегкая обязанность возрождать как свой приходской храм, так и заботиться о восстановлении древней Ивановской обители. Удивительно и особенно промыслительно то, что в 1987—1990 годах о. Сергий Романов служил в селе Виноградове в храме Владимирской иконы Божией Матери, где зарождалась и складывалась будущая община Ивановского монастыря и приходская община КнязеВладимирского, что Старых Садех, храма. Отец Сергий был убежден: монастырь необходимо возрождать как женскую иноческую общину, хотя предлагались и другие проекты. В 1992 году в монастырских домах причта начала свою жизнь Свято-Владимирская православная гимназия, у истоков создания которой стояла Светлана Васильевна Козлова — первый директор гимназии (†1 января 1999 года).
Нашлись и желающие посвятить свою жизнь Богу и служению Церкви в монашеском звании. В конце 1991 года в часовне Св. Иоанна Предтечи поселилась первая насельница Екатерина Ростковская. Почти сразу же часовня была отремонтирована и открыта. 29 мая 1992 года первые сестры перешли в корпус. К Екатерине Ростковской (ныне инокине Елисавете), занимавшейся восстановлением храмов и келий, присоединилась Марина Осипова, положившая начало издательству Свято-Владимирского Братства. К 1995 году сложилась небольшая община из десяти сестер. Надежда Сухарева (ныне инокиня Василия) шила церковные облачения, Маргарита Проскурова писала иконы для иконостасов Владимирского храма и монастырской домовой церкви Прп. Елисаветы, Людмила Уварова (инокиня Досифея) дежурила в часовне, Анастасия Кабилова (инокиня Амвросия) и Ирина Исаева (инокиня Романа) регентовали в храме и в обители. С самого начала в восстановлении обители участвовала Наталия Виноградова (инокиня Николая). Постоянно трудилась в монастыре вместе с сестрами общины и прихожанами Владимирского храма Ирина Богданова (инокиня Иулиания).
«Мнози монастыри богатством поставлени бывают, не суть же таковы, яко же сии, иже поставляются молитвою и слезами, пощением и бдением…», — сказано в одной древней монастырской летописи. Главным делом возрождающейся монашеской общины, должны были стать молитва и богослужение — богослужение в широком значении этого слова, как служение Богу, послушание Его святой воле. Начинался и заканчивался день в общине монашеским правилом. Сестры молились в часовне, а богослужения посещали во Владимирском храме.
Удивительное это было время в жизни нашей многострадальной Церкви — начало 1990х годов! Поруганные, оскверненные храмы и монастыри возрождались и отстраивались по всей России, даже в самых глухих ее уголках. В неправдоподобно короткие сроки они вставали во всей красе, поднимаясь буквально из праха. Беспримерен во славу Господа подвиг христиан!
С первых дней после возвращения Ивановского монастыря в лоно Церкви насельницы обратились к его истории, составили синодики для поминовения на правиле и богослужениях. И тогда, как рассказывает инокиня Елисавета (Ростковская), «словно сомкнулась разорванная связь времен, сестры почувствовали молитвенное единство с прежней обителью».
В начале 1990х годов был возвращен общине домовой храм прп. Елисаветы Чудотворицы при бывших больничных кельях. Началось восстановление интерьеров под руководством ведущего архитекторареставратора Лидии Алексеевны Шитовой. К празднику Святой Пасхи 1995 года храм был отделан, иконы для иконостаса написала Маргарита Проскурова. Малое освящение и первое богослужение в Елисаветинской церкви состоялось 28 апреля 1995 года в пятницу Светлой седмицы, когда празднуется память иконы Божией Матери «Живоносный Источник». В это пасхальное время, как проявление молитвенного покрова Божией Матери, стала обильно, по всей поверхности мироточить писаная специально для Елисаветинского храма икона Пресвятой Богородицы «Смоленская» или «Одигитрия». Богослужения в храме прп. Елисаветы Чудотворицы совершали священники храма Св. кн. Владимира. Монастырские службы были полными, сестры ревностно относились к богослужебному Уставу, стараясь следовать указаниям Типикона.
Насельницы общины были духовно связаны со Свято-Успенской Пюхтицкой обителью в Эстонии, которая никогда не закрывалась и сохранила традиции православного общежительного женского монашества. По приглашению гостеприимной матушки Варвары ивановские сестры ездили в Пюхтицы поучиться и приглядеться к монастырской жизни.
Наталия Виноградова (ныне инокиня Николая), занимавшаяся восстановлением обители нередко бывала у старца о. Николая Гурьянова на острове Залита в Псковской области и всякий раз спрашивала его о монастыре. Отец Николай всегда отвечал, что «будет обитель и большая обитель; все будет хорошо» и добавлял: «Святитель Николай все устроит…» Сестры усердно молились великому Чудотворцу Николаю. Бывали и у могилы последней настоятельницы монастыря матушки Епифании на бывшем монастырском хуторе. Паломничали сестры в Николо-Угрешскую обитель к мощам прп. Пимена (Мясникова), прославленного в мае 2000 года, много потрудившегося для открытия Ивановского монастыря в конце XIX века. Молились насельницы общины в Новоспасском монастыре при обретении мощей ивановской затворницы — блаженной старицы монахини Досифеи. Тесные узы духовного братства соединили монастырское сестричество с приходом церкви Преображения Господня в подмосковном селе Остров, где сестры часто молились в часовне свт. Николая.
5 мая 1999 года Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси при бывшем Ивановском монастыре учреждено Патриаршее Подворье, в котором о. Сергий Романов был назначен исполняющим обязанности настоятеля Собора Усекновения главы святого Иоанна Предтечи и Елисаветинской домовой церкви.
Настоятельница Свято-Успенской Пюхтицкой обители игумения Варвара всегда проявляла молитвенное и деятельное участие в становлении Иоанно-Предтеченской общины. Весной 2000 года она благословила сестер читать свт. Николаю Чудотворцу акафист 40 дней подряд о скорейшем освобождении монастырского собора и устроении обители. 3 августа 2000 года владыка Арсений, архиепископ Истринский приехал в монастырь, осмотрел еще не освобожденный собор и монастырскую территорию, занятую Московским Университетом МВД. Владыка сообщил, что на ближайшем Синоде доложит о возможности возобновления монастыря. Синод состоялся 11 августа 2000 года в канун прославления Собора новомучеников и исповедников Российских. В этот день Церковь празднует рождество свт. Николая Чудотворца. О решении Синода открыть монастырь в общине узнали уже после завершения Собора 21 августа. На Светлой седмице 2001 года начался вывоз архива из монастырского собора. Летом 2001 года к празднику Рождества Иоанна Предтечи, храм был полностью освобожден и передан общине. И в соборе зазвучали, наконец, слова молитвы. Молебны стали еженедельными. С этого времени в общине служил о. Афанасий Гумеров (ныне иеромонах Иов — насельник Сретенского монастыря).
25 декабря 2001 года о. Сергий объявил сестрам о том, что Святейший Патриарх запросил в Пюхтицах настоятельницу для Ивановского монастыря. За вечерней трапезой в Иоанно-Предтеченской общине читали в эти дни письма прп. Амвросия, старца Оптинского. Сестра, читавшая за трапезой вечером, обратила внимание на письмо, которое должно было быть прочитано на следующий день. Вот это письмо:
Новопосвященной игумении.
Поздравляю Вас с избранием на настоятельскую должность и с саном игумении, если уже посвящение Ваше в сан сей совершилось. Сердечно желаю Вам, за молитвами покойного батюшки о. игумена Антония, проходить нелегкую сию обязанность с пользою душевною, как собственною Вашею, так и врученных Вам сестер и матерей. Да поможет Вам в этой многотрудной должности святая и преподобная Афанасия, которой память вскоре имать совершаться и еяже именем, кажется, Вы наречены при пострижении. Если так, то поздравляю Вас и с тезоименитством и от души желаю Вам, за молитвами духовной покровительницы Вашей, благополучных успехов в настоятельских делах Ваших. К утешению Вашему скажу: хотя должность начальников и сопряжена со многими трудностями и великими неудобствами, но из списка Святых видим, что многие настоятели не только получили спасение, но и великое воздаяние от Господа на небеси, и на земле прославляются св. Церковью в лике Святых, как и святая игумения Афанасия. Сердечно и искренне желаю и Вам по совершении подвига Вашего достигнуть того же по молитвам духовных патронов Ваших, чтобы с дерзновением изрещи Вам пред Господом: се аз и дети, яже дал ecи ми всеблагий и многомилостивый Владыка.
По Промыслу Божию Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси 26 декабря 2001 года настоятельницей Иоанно-Предтеченской женской обители была назначена монахиня Афанасия (Грошева) — благочинная Свято-Успенского Пюхтицкого монастыря в Эстонии. Матушка Афанасия приехала 16 января 2002 года. В управление обителью ее ввел владыка Александр, епископ Дмитровский, викарий Московской епархии.
18 января 2002 года после всенощной под праздник Крещения Господня, по благословению Святейшего Патриарха монастырю были возвращены его главные святыни — иконы св. Иоанна Предтечи с обручем и прп. Елисаветы Чудотворицы, святой игумении, жившей в Константинополе в V веке. Икона св. Пророка Иоанна уникальна. Перед этим образом молились русские цари и ходили с ним крестным ходом. В советский период икона хранилась в храме свв. апп. Петра и Павла на Яузе. Ныне она находится в возрожденном Казанском приделе собора, а точная копия помещена в часовне св. Иоанна Предтечи. К киоту иконы Крестителя Господня справа на металлической цепочке присоединен медный обруч с надписью: «Святый Великий Предтече и Крестителю Спасов Иоанне, моли Бога о нас». По молитвам Проповедника покаяния многие получают исцеления и помощь, тем самым укрепляясь в вере.
Помощницей в восстановлении обители стала для матушки Афанасии ее небесная покровительница — св. прп. игумения Афанасия Эгинская (†14 августа 860 г.; память ее совершается Православной Церковью 12/25 апреля). В ее житии сказано: «Она заботилась о том, чтобы ни один час не проходил без молитвы, постоянно славословила Господа, подражая Давиду, который говорит: Благословлю Господа на всякое время, выну хвала Его во устех моих (Пс. 33, 2)». Назначение матушки Афанасии из Пюхтицкого женского общежительного монастыря с устоявшимся прочным укладом монашеской жизни стало краеугольным камнем для устроения нового монашеского общежития в Ивановском монастыре. С приездом настоятельницы обитель преобразилась. Она пополнилась новыми насельницами, обрела своих прихожан.
14 марта 2002 года в обители в первый раз было получено благословение — служить новопрославленной святой Иоанно-Предтеченского монастыря — блаженной схимонахине Марфе, Христа ради юродивой. Перед всенощным бдением о. Афанасий Гумеров освятил впервые написанную икону блаженной.
В день Феодоровской иконы Божией Матери 14/27 марта Иоанно-Предтеченскую обитель впервые посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Его Святейшество приложился к чудотворному образу св. Иоанна Предтечи с обручем в монастырской часовне и осмотрел собор. В храме Прп. Елисаветы Чудотворицы Патриарх, обращаясь к матушке и сестрам, сказал слово, в котором он отметил более чем 20-летний опыт монашеской жизни матушки Афанасии, и ее служение на послушании благочинной Пюхтицкого монастыря. Его Святейшество сообщил, что м. Афанасия — одиннадцатая настоятельница из Пюхтицкой обители. Патриарх вручил ей ЧерниговскуюГефсиманскую икону Божией Матери. Во время чаепития Патриарх беседовал с настоятельницей, сестрами и духовником прежней общины о. Сергием Романовым о проблемах обители.
В конце августа подготовка к освящению Казанского придела была завершена. Несколько икон для него написала Мария Львовна Городская. В воскресенье, 8 сентября 2002 года, когда Православная Церковь празднует Сретение Владимирской иконы Божией Матери, был торжественно освящен Казанский придел монастырского собора. Малое освящение совершил протоиерей Сергий Романов с клиром. Из церкви св. князя Владимира крестный ход с антиминсом направился в обитель, где после освящения собора состоялась первая Божественная литургия — спустя 76 лет после его закрытия.
11 сентября 2002 года в монастырский престольный праздник состоялась первая архиерейская служба, которую возглавил владыка Арсений, архиепископ Истринский. После литургии крестный ход из собора прошел на территорию Московского университета МВД; на ступенях южного входа в собор была отслужена лития о почивших насельницах монастыря, а также об узниках лагеря НКВД, пострадавших в 1920—1930-е годы в этом святом месте.
Трудами матушки Афанасии в обители проводится планомерная реставрация архитектурного ансамбля, который является памятником XVIII—XIX веков общероссийского значения. Обновляется внешний облик собора и его интерьеры, проводится научная реставрация храмовой живописи, созданной в конце XIX века мастерами Санкт-Петербургской Академии художеств. 9 ноября 2002 года на куполе был установлен крест. Вновь издалека сияет архитектурная доминанта старой Москвы — обновленный собор Ивановского монастыря. Летом 2003 года засияли кресты и на башенках собора, с того же времени проводится восстановление двух башен-колоколен у Святых врат обители.
30 декабря 2002 года матушка Афанасия Указом Святейшего Патриарха была утверждена в звании настоятельницы обители с возложением наперсного креста. 28 февраля Указом Святейшего Патриарха деятельная помощница настоятельницы — послушница Наталия Виноградова была утверждена в должности казначеи.
Радостным событием для обители стал первый постриг сестер. В канун недели 4-й Великого поста после всенощного бдения владыка Арсений совершил иноческий постриг четырех сестер, стоявших у истоков возрождения обители: инокини Елисаветы (Ростковской), инокини Николаи (Виноградовой), инокини Досифеи (Уваровой), инокини Иулиании (Богдановой). В этот же день 5 апреля 2003 года владыка передал в дар монастырю частицу мощей свт. Николая Чудотворца, архиепископа Мирликийского. Святыня хранилась в семье одной верующей итальянки, принадлежащей к древнему знатному роду. Увидев особую любовь русских людей к святым и благоговейное почитание святых мощей у православного народа, она решила подарить семейную реликвию возрождающейся Иоанно-Предтеченской обители.
8 апреля 2003 года в монастырь был назначен священник — иерей Георгий Первушин. И сестры, и прихожане сразу полюбили нового пастыря.
Начинается будний день в обители св. Иоанна Предтечи со звона колокольчика будильщицы. Насельницы собираются к шести часам утра в храм на полунощницу, чтобы уподобиться евангельским мудрым девам, готовым к встрече Жениха в полуночи. После полунощницы читается канон Божией Матери «Одигитрии» или акафисты празднуемым святым. В семь часов начинается литургия, затем по обычаю бывает лития по почившим. После богослужения сестры расходятся на послушания. Вечерняя служба в обители начинается без четверти пять и включает 9-й час, вечерню, утреню и 1-й час. В молитвенной тишине совершаются монастырские уставные богослужения, на которых всегда возносятся прошения «о богохранимей стране нашей, властех и воинстве ея… за всю братию и за вся христианы». День завершается также общей молитвой. В половине десятого вечера сестры собираются в домовый храм прп. Елисаветы Чудотворицы на повечерие, после которого испрашивают прощения и благословения у настоятельницы. Насельницы монастыря ежедневно после вечерней трапезы совершают крестный ход вокруг обители. В главном соборе монастыря возносится молитва к Богу и совершается бескровная Жертва.
В 2004 году в соборе восстановлена мраморная рака, в которой почивали святые мощи святой блаженной схимонахини Марфы Московской, Христа ради юродивой, утраченные после закрытия собора в 1926 году.
24 декабря 2004 года состоялось заседание Священного Синода Русской Православной Церкви на котором Синод постановил включить в Собор новомучеников и исповедников Российских XX века имена новых подвижников. Среди них значится имя священника Ивановского монастыря Алексия Скворцова (1875—4 июля 1938). Обитель обрела нового молитвенника и ходатая пред Богом.
17 марта 2005 года в четверг первой седмицы Великого поста Святейший Патриарх Алексий II вновь посетил Ивановский монастырь. Под сводами обновляющегося монастырского собора Патриарх прочитал Великий покаянный канон святого Андрея Критского. По окончании богослужения Предстоятель обратился к богомольцам с первосвятительским словом.
В 2006, 2007 и 2008 годах в обители совершались иноческие постриги сестер. Незабываемыми стали паломничества сестер на Святую Землю. Но центральным событием последних лет стало служение Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. 11 сентября 2007 года в престольный праздник обители Его Святейшество совершил Божественную литургию в монастырском Соборе и возвёл матушку Афанасию за богослужением в сан игумении.
В монастыре постоянно ведется работа в архивах и библиотеках, благодаря чему обителью выпущены жития святой покровительницы монастыря прп. Елисаветы Чудотворицы, святой блаженной схимонахини Марфы Московской, Христа ради юродивой, старицы затворницы Ивановского монастыря Досифеи, а также издания по истории древнего Ивановского монастыря.
Много тайн и загадок у древней обители, сокровенно ее будущее, но ясно одно: монастырь живет и возрождается. Обновляется обитель внешне, светлеют ее храмы и здания, но еще более украшается и крепнет она внутренне с приходом новых молодых сестер. Ибо крепче и прочнее камня юные сердца, всецело преданные Богу. В них залог будущего обители с нерушимым фундаментом ее духовного наследия. Ни в прошлые века, ни в наше время никакие невзгоды и исторические потрясения не смогли прервать ту нить духовной преемственности, которая тянется от основания монастыря. Обитель горела, ее разоряли, но преемственность и традиции сберегались следующими поколениями. Именно поэтому монастырь всегда возрождался, возрождается он и теперь. Снова звучит в сердце российской столицы глас вопиющего в пустыне (Мф. 3, 3) — проповедь величайшего проповедника покаяния и большего в рожденных женами (Мф. 11, 11) святого Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна: Покайтеся, приближибося Царствие Небесное… Сотворите убо плод достоин покаяния… Уже бо и секира при корени древа лежит: всяко убо древо, еже не творит плода добра, посекаемо бывает, и во огнь вметаемо (Мф. 3; 2, 8,10). Для взыскующих спасения во все времена и эпохи святой Иоанн Предтеча указывает на Христа: Се Агнец, Божий, вземлющий грехи мира (Ин. 1, 29).