По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла РПУ св. Иоанна Богослова осуществляет профессиональную подготовку кадров для работы в епархиях Русской Православной Церкви.
В 2024 г. РПУ проводит набор на богословский и юридический факультеты по следующим направлениям подготовки: государственно-церковные отношения, масс-медиа, юриспруденция.
Форма обучения очная 4 (года), уровень образования бакалавриат. По окончании обучения выдается диплом государственного образца. На обучение принимаются только юноши. На период обучения предоставляется отсрочка от службы в армии.
Обучение, проживание и питание студентов осуществляется за счет бюджета Русской Православной Церкви.
Студент получает богословское образование по семинарской программе, а также специальность по одному из перечисленных выше направлений подготовки.